Linux下microRNA質控-cutadapt安裝

如果Linux系統已安裝pip或conda，cutadapt的安裝相對簡便一些，範例如下：
1.pip安裝
      pip install --user --upgrade cutadapt
      新增環境變數
echo 'export PATH=$PATH:/your path/cutadapt-1.10/bin ' >> ~/.bashrc

2.conda安裝
      conda install -c bioconda cutadapt

3.如果很不幸，以上兩個軟體都未安裝，則可以使用python進行安裝。流程如下：

3.1 下載地址：
https://pypi.python.org/pypi/cutadapt/

3.2 解壓
tar -zxvf cutadapt-1.10.tar.gz
3.3 進解壓後的目錄
cd cutadapt-1.10

3.4 安裝
python setup.py install --user
3.5 如果安裝過程中，出現報錯“error: command 'gcc' failed with exit status 1 ", 檢視報錯詳細資訊中顯示，缺少Python.h檔案，那麼需要安裝執行python-dev。
（1）首先檢索dev開發包：
yum search python |grep -i devel
（2）安裝
yum install python-devel.x86_64

4.去除接頭
cutadapt -a 3'端接頭 -g 5'端接頭 -o output.fastq input.fastq
cutadapt去接頭原理如下：

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