Ubuntu下安裝openslide-matlab

跑全掃描影象需要用到openslide這個包，底層是用C語言寫的，這裡是openslide-python的安裝以及詳解點選開啟連結

首先下載openslide-matlab的包，github上有https://github.com/fordanic/openslide-matlab

解壓 用matlab執行openslide_load_library.m這個檔案，我出現了這個錯誤

libopenslide.so.0 not available on the MATLAB pathn 

解決辦法

首先在終端找到libopenslide.so.0這個檔案

locate libopenslide.so.0

於是能得到檔案的位置

我的位置是在/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0

如果找不到，直接在linux系統資料夾裡搜尋也行

然後將openslide_load_library.m中的第45行的

libName = libopenslide.so.0 改成

 libName =('/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0');

然後繼續執行openslide_load_library.m這個檔案，可能又出現類似的錯誤，怒了，matlab的which（）這個語句不咋地，

將下面一行的 which（libName）直接改成

'/usr/lib/x86_64-linux-gnu/libopenslide.so.0'

然後繼續執行openslide_load_library.m這個檔案

openslide.h not available on the MATLAB path這個錯誤

繼續在終端執行

locate openslide.h

這時候應該能發現openslide.h檔案在的位置，

同樣如果找不到，直接在linux系統資料夾裡搜尋也行

將第53行openslideHeaderLocation = which('openslide.h');這一句改成

openslideHeaderLocation = ('/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h');

目前安裝就已經結束了，但是我出現了一個問題

我的機器裡沒有openslide.h這個檔案，locate找不到位置，思前想後，可能我在安裝openslide-python的時候是用命令安裝的，所以找不到這個檔案

重新安裝openslide-python這個包，下載地址http://openslide.org/download/

下載的是3.4.1，根據readme顯示

首先得安裝一些必要的庫，避免一些不必要的麻煩，無論有用與否

1. sudo apt-get install libopenjpeg-dev libsqlite3-dev
2. sudo apt-get install openslide-tools
3. sudo apt-get install python-openslide
4. sudo apt-get install python3-openslide

cd openslide-3.4.1/
sudo ./configure

會檢查一些需要的庫，我缺少了openjpeg這個庫，安裝指南https://github.com/uclouvain/openjpeg/blob/master/INSTALL.md
首先得下載https://github.com/uclouvain/openjpeg/releases/tag/v2.1.2

然後根據安裝指南 切記下載 Source code (tar.gz)

To build the library, type from source tree directory:

mkdir build
cd build
cmake ..
make

Binaries are then located in the 'bin' directory.

To install the library, type with root privileges:

make install
make clean

To build the html documentation, you need doxygen to be installed on your system.It will create an "html" directory in TOP_LEVEL/build/doc)

make doc

然後再

cd openslide-3.4.1/
sudo ./configure

提示缺少No package 'sqlite3' found
安裝splite3

sudo apt-get install sqlite sqlite3

 然後就ok了，這時候再locate openslide.h就能發現位置了，我的位置是在

/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h

然後更改openslide_load_library.m

將第53行openslideHeaderLocation = which('openslide.h');這一句改成

openslideHeaderLocation = ('/home/hjxu/openslide-3.4.1/src/openslide.h');

再執行openslide_load_library.m就OK了

可以嘗試執行openslide_example.m 不報錯就可以了，祝好運。

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