openslide-python使用心得

全掃描（whole slide image）影象非常的大，處理起來比較麻煩，openslide提供了一個很好的介面，具體參考openslide官網http://openslide.org/api/python/

首先先匯入模組，這裡是openslide-matlab的安裝  http://www.linuxidc.com/Linux/2017-09/147187.htm

安裝openslide-Python下面兩個命令就可以了

sudo apt-get install openslide-tools

sudo apt-get install python-openslide

import openslide 

import openslide

（1）、opensilde.OpenSlide(filename)——讀取影象

 slide = openslide.OpenSlide('/media/xhj/LENOVO/data/Metastasis/Tumor_005.tif') 

slide = openslide.OpenSlide('/media/xhj/LENOVO/data/Metastasis/Tumor_005.tif')

（2）、close()——關閉影象

slide.close() 

slide.close()

level_count——幻燈片中的級別數。級別從0（最高解析度）到level_count - 1（最低解析度）編號。這裡沒理解slide級別數是什麼意思，程式碼返回為10,可能應該是slide的層數，比如40倍，20倍，10倍等有多少層

level_count = slide.level_count 
print 'level_count = ',level_count 

level_count = slide.level_count
print 'level_count = ',level_count

上述程式碼得到 level_count =  10

（3）、dimensions        （width， height）在0級別下，也就是最高解析度的情況下slide的寬和高（元組）

[m,n] = slide.dimensions #得出高倍下的（寬，高）(97792,219648) 
print (m,n) 

[m,n] = slide.dimensions #得出高倍下的（寬，高）(97792,219648)
print (m,n)

上述程式碼得到  (97792, 219648)，影象夠大的

（4）、level_dimensions[k]    得到（width， height）元組，k下級別k，是指在k水平下的下面舉例就知道k的意思，每張全掃描最高階別是0，也就是最高解析度，這個解析度在不同的全掃描圖片中是不一樣的，有的第0層是40倍，第二層是10倍，而有的第0層是20倍，第二層是10倍，k指對應的層數

[m1,n1] = slide.level_dimensions[1] #級別k，且k必須是整數，下取樣因子和k有關 
print (m1,n1)      # m1 = m/下取樣因子 此時k為1 

[m1,n1] = slide.level_dimensions[1] #級別k，且k必須是整數，下取樣因子和k有關
print (m1,n1)      # m1 = m/下取樣因子 此時k為1

上述程式碼得到        (49152, 110080)    如果k為2 得到  (24576, 55296)   k為3得到  (12288, 27648)
（5）、level_downsamples    每一個級別K的對應的下取樣因子，下取樣因子應該對應一個倍率

slide_level_downsamples = slide.level_downsamples[2] 
print slide_level_downsamples 

slide_level_downsamples = slide.level_downsamples[2]
print slide_level_downsamples

上述程式碼得到  3.97569444444 

（6）、get_best_level_for_sownsample(downsample)  對給定的下取樣因子返回一個下取樣級別，downsamples必須是浮點數

 slide_downsamples = slide.get_best_level_for_downsample(5.0) 
print slide_downsamples 

slide_downsamples = slide.get_best_level_for_downsample(5.0)
print slide_downsamples

上述程式碼得到  2   

（7）、read_region(location, level, size)  返回一個RGBA影象，包含指定區域的內容。location指0級別下左上角位置的坐標，元組，level指級別，整數，size是（width， height）是元組，

tile = numpy.array(slide.read_region((0,0),6, (1528,3432))) 

plt.figure() 

plt.imshow(tile) 

pylab.show() 

tile = numpy.array(slide.read_region((0,0),6, (1528,3432)))
plt.figure()
plt.imshow(tile)
pylab.show()

上述程式碼可以得到左上角坐標（0,0）,6級別下，大小是（1528，3432）的圖
（8）、get_thumbnail(size)  返回一個縮圖的RGB影象，size為（width，height）元組

slide_thumbnail = slide.get_thumbnail((1528,3432)) 
tile = numpy.array(slide_thumbnail) 
# scipy.misc.imsave('/home/xhj/PycharmProjects/openslide-experiment/save/thumbnail.jpg', tile) 
plt.imshow(slide_thumbnail) 
plt.imshow(tile) 
pylab.show() 

本文永久更新連結地址：http://www.linuxidc.com/Linux/2017-09/147188.htm