CentOS 7 安裝天文學工具presto

今天師兄讓我自己摸索學習安裝presto，然後我就跑過去自己摸索了。發現安裝時碰見很多問題，所以決定寫下來。
我的筆電由於重新裝過一次系統，然後被我給格了，所以虛擬機器我也沒拷下來，於是重新下了CentOS 7重新搞一個Linux環境。
OS的ISO檔案下載地址：http://mirrors.sina.cn/centos/7/isos/x86_64/CentOS-7-x86_64-Everything-1511.iso（下載最小安裝包的話可能環境會比較難搞，這邊是完整版）。下載完成之後就是虛擬機器安裝了，此處安裝選項最好是Development and Creative Workstation，我是全部都勾選了
安裝完虛擬機器之後需要先大概安裝一下後面需要的東西。在終端?使用yum安裝，輸入：yum groupinstall ‘Development tools’，接著在/home/m下建立astrosoft。
su?do yum groupinstall "Development Tools"
yum install libpng12-devel
mkdir /home/m/astrosoft
下面是下載presto
presto的官方網站：http://www.cv.nrao.edu/~sransom/presto/
cd /home/m/astrosoft
exit
cd /home/m/astrostud? ?
git clone git://github.com/scottransom/presto.git
在presto目錄下的INSTALL是安裝教學，下面的步驟就是按照教學進行的。?
1 安裝FFTW3.X
FFTW3.X官方網站：http://www.fftw.org/??。
wget www.fftw.org/fftw-3.3.5.tar.gz
tar -zxvf fftw-3.3.5.tar.gz
cd fftw-3.3.5
./configure --enable-shared --enable-single --prefix=/home/m/astrosoft/fftw
make
make install

fftw3安裝還沒寫，這樣也可以用

2 安裝PGPLOT
PGPLOT地址：http://www.astro.caltech.edu/~tjp/pgplot/
下載地址：ftp://ftp.astro.caltech.edu/pub/pgplot/pgplot5.2.tar.gz
cd /home/m/Download
wget ftp://ftp.astro.caltech.edu/pub/pgplot/pgplot5.2.tar.gz
tar -zxvf pgplot5.2.tar.gz
mkdir /home/m/astrosoft/pgplot
cd /home/m/astrosoft/pgplot
cp /home/m/Download/pgplot/drivers.list .
vi drivers.list
此處根據自己的需求修改drivers.list新增裝置。此處presto要求必選裝置有PS和X-windows裝置，另外還可以加上VPS、CPS和VCPS裝置。
/home/m/astrosoft/new/pgplot/makemake /home/m/astrosoft/new/pgplot linux g77_gcc
之後資料夾會出現
drivers.list grexec.f grpckg1.inc makefile pgplot.inc rgb.txt
這幾個資料夾，接著修改makefile檔案，將其中的FCOMPL=g77修改為FCOMPL=gfortran
此時直接make還是會出現錯誤的，因為我們並沒有安裝X11。下面先安裝X11，此時需要管理員許可權設定系統
sudo yum install libX11-devel
make
make cpg
這時pgplot就可以算是安裝完成了，但是需要注意的是我們還沒有將pgplot新增到PATH中去。

3 安裝Tempo
Tempo下載地址： http://tempo.sourceforge.net/
cd /home/m/Download
git clone git://git.code.sf.net/p/tempo/tempo
cp -r /home/m/tempo /home/m/psrsoft/tempo
cd /home/m/astrosoft/tempo
./prepare
./configure --prefix=/home/m/astrosoft/tempo
?make
make install
至此tempo是安裝完成了。
4 安裝GLIB（v2.X）
可以通過yum安裝
yum install glib2-devel
5 安裝CFITSIO
CFITSIO的下載地址是： http://heasarc.gsfc.nasa.gov/fitsio/
然後下載unix的版本。
cd /home/m/Download
tar -zxvf cfitsio3390.tar.gz
cd cfitsio
mkdir /home/m/astrosoft/cfitsio
./configure --prefix=/home/m/astrosoft/cfitsio
make
make install
至此安裝tempo之前的各種軟體就已經安裝完成了。
6 部署各種環境等

Environment variables!
– Is PRESTO set to the top-level PRESTO source directory?
– Is TEMPO set to the top-level TEMPO source directory?
– Is PGPLOT_DIR set to the location of the PGPLOT utility files?
(Note: On Ubuntu, that should be /usr/lib/pgplot5)
– Is $PRESTO/bin in your PATH?
– Is $PRESTO/lib in your LD_LIBRARY_PATH?
– Is $PRESTO/lib/python in your PYTHONPATH

下面我們就來一一設定。
這一步需要先完成。
vi /home/m/.bash_profile
加入以下幾行：

PATH=$PATH:$HOME/bin:/home/m/astrosoft/presto/bin:/home/m/astrosoft/pgplot/bin:/home/m/astrosoft/presto/bin:/nfshome/mcc/pfits:/home/m/astrosoft/optimus:/home/m/astrosoft/fv:/home/m/astrosoft/psrcat_tar:/home/m/astrosoft/tempo/src/
LD_LIBRARY_PATH=/home/m/astrosoft/presto/lib:/home/m/astrosoft/pgplot:/home/m/astrosoft/fftw3/lib:/home/m/astrosoft/cfitsio/lib
C_INCLUDE_PATH=/home/m/astrosoft/presto/include:/home/m/astrosoft/cfitsio/include
PKG_CONFIG_PATH=/home/m/astrosoft/cfitsio/lib/pkgconfig:/home/m/astrosoft/fftw3/lib/pkgconfig
PYTHONPATH=/home/m/astrosoft/presto/lib/python
PGPLOT_DIR=/home/m/astrosoft/pgplot
PGPLOT_FONT=/home/m/astrosoft/pgplot/grfont.dat
PGPLOT_DEV=/xwine
PGPLOT_LIB="-L /usr/X11R6/lib -lX11 -L /home/m/astrosoft/pgplot -lpgplot"
PRESTO=/home/m/astrosoft/presto
TEMPO=/home/m/astrosoft/tempo
PSRCAT_FILE=/home/m/astrosoft/psrcat_tar/psrcat.db

export PATH
export LD_LIBRARY_PATH
export C_INCLUDE_PATH
export PKG_CONFIG_PATH
export PYTHONPATH
export PGPLOT_DIR
export PGPLOT_FONT
export PGPLOT_DEV
export PGPLOT_LIB
export PRESTO
export TEMPO
export PSRCAT_FILE

然後儲存退出，輸入：
source .bash_profile
大體上的設定就結束了。假如在下面的步驟中出現錯誤，最好將presto檔案刪除，然後使用者登出一下再重新進行下面的步驟。
7 presto安裝step1
上面的步驟進行完成之後就需要進入presto的資料夾中進行操作了。將presto資料夾放入/home/m/astrosoft中，然後進入/presto/src中，輸入：
sudo make makewisdom
這一步需要寫入許可權
這一步會花費很長時間，可以上個網休息一下。
8 presto安裝step2
在上面一步結束之後，我們需要再輸入：make prep
9 presto安裝step3
在上面兩步都結束之後，就直接輸入： make，這樣在/src裡面的操作就徹底完成了。
假如出現如下報錯：

error while loading shared libraries: libsla.so: cannot open shared object file: No such file or directory
或者只是presto的python路徑等沒有設定好
則在/usr/lib下應該存在libsla.so這個檔案，這是如果共用庫檔案安裝到了/lib或/usr/lib目錄下, 需執行一下ldconfig命令。
ldconfig命令的用途, 主要是在預設搜尋目錄(/lib和/usr/lib)以及動態庫組態檔/etc/ld.so.conf內所列的目錄下, 搜尋出可共用的動態連結庫(格式如lib*.so*), 進而建立出動態裝入程式(ld.so)所需的連線和快取檔案. 快取檔案預設為/etc/ld.so.cache, 此檔案儲存已排好序的動態連結庫名字列表.

所以假如出現了這個報錯，則執行如下命令並且重新進行這一步

sudo ldconfig
sudo make

10 presto安裝step4
這一步需要確定python版本以及安裝numpy和scipy。這一步我也不是很清楚，但是系統是自帶python2.7版本的。
cd進入presto/python資料夾
vi setup.py

Note: you might need to add “gfortran” to the following list if
you see errors relating to missing “g” functions….

這時需要下面一步，不然就可以直接make
將ppgplot_libraries = ["cpgplot", "pgplot", "X11", "png", "m"]改為ppgplot_libraries = ["gfortran" , "cpgplot", "pgplot", "X11", "png", "m"]
cd /home/m/astrosoft/presto/python
make
這裡需要注意，在根據INSTALL檔案安裝時，可能在make步驟之後還會有有一個make fftfit。這個時候需要看一下Makefile檔案的build那下面的最後一行有沒有這一行：python fftfit_src/test_fftfit.py。假如有這一行，就不需要make fftfit這一步了。可能看到此文章時他們已經修改了INSTALL檔案。總之只要知道這一步和這一行是重複的就可以了。
11 end
假如你能看到這一步，我就可以恭喜你了，你已經完成了整個的安裝過程了。下???你就可以去尋找脈衝星了。

Go find pulsars!

可以從官網找到教學ppt
網址http://www.cv.nrao.edu/~sransom/PRESTO_search_tutorial.pdf
可以使用其中資料進行測試。

本文永久更新連結地址：http://www.linuxidc.com/Linux/2017-10/147624.htm