R語言學習VennDiagram包繪製韋恩圖範例

2022-06-24 14:06:09

引言

本版塊會持續分享一些常用的結果展示的圖形。

在得到資料之後，我們經常會用到維恩圖來展示各個資料集之間的重疊關係。本文簡單的介紹R語言中的VennDiagram包繪製資料集的維恩圖。

一需要安裝和匯入的包

install.packages("VennDiagram")
library(grid)
library(VennDiagram)

二使用函數及引數

所有引數說明點選下載

可以看到引數有很多，不用擔心，下文的例子會給出常用的調整引數以及說明。

三知道各個資料集的個數以及重疊（交叉）的個數

2.1 兩個已知資料集的韋恩圖

# 圓的大小不會根據資料量多少改變
venn.plot <- draw.pairwise.venn(80, 30, 10, c("First", "Second"), scaled =FALSE)
grid.draw(venn.plot)

# 圓的大小根據資料量多少改變

venn.plot <- draw.pairwise.venn(80, 30, 10, c("First", "Second"))

grid.draw(venn.plot)

#調整引數進行圖形優化

venn.plot <- draw.pairwise.venn(  area1 = 80,  #區域1的數 
area2 = 30,   #區域2的數 
cross.area = 2,  #重疊的個數 
category = c("First", "Second"),#分類命名
fill = c("blue", "red"),#1 2 區域分別的填充顏色 
lty = "blank",  #1 2 區域的邊框線型別 
cex = 2,        #1 2 區域內部數位的字型大小 
cat.cex = 2,    # 分類名稱的字型大小 
cat.dist = 0.09,   #分類名稱距離邊的距離 實際調整 
cat.just = list(c(-1, -1), c(1, 1)),  #分類名稱的位置  ，圈內或者圈外
ext.pos = 30,  #線的角度 預設是正上方12點位置 
ext.dist = -0.05,   #外部線的距離  跟根據圓圈的大小適當調整
ext.length = 0.85,  #外部線長度 
ext.line.lwd = 2,  #外部線的寬度 
ext.line.lty = "dashed" )  #外部線為虛線);
grid.draw(venn.plot)

2.2 三個已知資料集的韋恩圖

venn.plot <- draw.triple.venn(area1 = 80,area2 = 70,area3 = 50,n12 = 38,n23 = 18,n13 = 28,n123 = 8,category = c("First", "Second", "Third"),fill = c("blue", "red", "green"),lty = "blank",cex = 2,cat.cex = 2,cat.col = c("blue", "red", "green"))
grid.draw(venn.plot)

四根據資料集合繪製韋恩圖

4.1 四個資料集合

A <- sample(1:1000, 500, replace = FALSE);
B <- sample(1:1000, 600, replace = FALSE);
C <- sample(1:1000, 700, replace = FALSE);
D <- sample(1:1000, 800, replace = FALSE);
E <- sample(1:1000, 900, replace = FALSE);
venn.plot <- venn.diagram(#資料列表
x = list(A = A,B = B,C = C,D = D),
filename = "Venn_4set.tiff",    #儲存路徑
col = "transparent",      #指定圖形的圓周邊緣顏色  transparent 透明          
fill = c("blue", "green", "yellow", "grey50"),  #填充顏色
alpha = 0.50,     #透明度
label.col = c("orange", "white", "grey50", "white","white", "white", "white", "white", "darkblue", "white","white", "white", "white", "darkgreen", "white"),
cex = 1.2,    #每個區域label名稱的大小
cat.col = c("darkblue", "darkgreen", "orange", "grey50"),  #分類顏色
cat.cex = 1.2,      #每個分類名稱大小
cat.dist = 0.07,   
cat.pos = 0,        #
cat.fontfamily = "serif",     #分類字型
rotation.degree = 270,        #旋轉角度
margin = 0.2 )

4.2 五個資料集合

venn.plot <- venn.diagram( 
x = list(    A = A,    B = B,    C = C,    D = D,    E = E  ), 
filename = "Venn_5set.tiff", 
col = "black", 
fill = c("dodgerblue", "goldenrod1", "darkorange1", "seagreen3", "orchid3"), 
alpha = 0.50, 
cat.col = c("darkblue", "darkgreen", "orange", "grey50","purple"), 
cat.cex = 1.5, 
cat.fontface = "bold", 
margin = 0.05);